經常使用MySQL并啟用了InnoDB引擎的時候，會發現數據庫相應目錄下，ibdata1這個文件會越來越大，并且即便刪除表中數據也無法減小其空間占用。所以，接下來的配置就是為了解決這個問題。

1、先停止所有訪問數據庫的服務；

2、導出數據文件；

mysqldump -u root -p dbname| gzip > dbname.sql.gz

該命令會將數據庫壓縮導出，會慢點，如果你數據庫并不大的話，可以不用壓縮，那么就是：

mysqldump -u root -p dbname > dbname.sql

3、修改MySQL配置；

vi /etc/mysql/my.cnf

在[mysqld]下添加一行：

innodb_file_per_table

并刪除數據庫所在路徑中的ibdata1及兩個log文件。

然后重新啟動數據庫：

service mysql restart

接下來登進數據庫，使用以下命令查看配置是否生效：

show variables like '%per_table%';

如果輸出結果為ON，那么配置已經修改成功；

4、導入原來的數據

登入數據庫后執行：

source dbname.sql

或者不登錄mysql執行：

mysqldump -uroot -p dbname < dbname.sql;

導入完成后即可發現，ibdata1這個文件已經不怎么增長了，所有數據表的數據都會存在他自己目錄下的同名db文件中，這時候清理表數據后，空間占用也會相應的減小。