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R語言繪制維恩圖ggvenn示例詳解_R語言

作者：Wei_Sun ? 更新時間： 2022-08-16 編程語言

引言

韋恩圖，Venn diagram，常用圖的一種，用來展示集合之間的特異性和共同性?，F在有很多在線的網站都可以繪制，但是R來畫也方便，其中ggvenn是基于ggplot2的專門繪制韋恩圖的R包。

官方網站：https://github.com/yanlinlin82/ggvenn

1.安裝

ggvenn在CRAN上，直接用Install.packages就可以完成安裝：

> install.packages("ggvenn")
> library(ggvenn)

2.基礎用法

ggvenn支持list和data.frame兩種數據格式。這里以三個基因文件為例：

讀取三個基因文件：

> set1<-read.csv("gene_a.csv")
> set2<-read.csv("gene_b.csv")
> set3<-read.csv("gene_c.csv")

提取每個文件的基因id，創建list：

> dat <- list( A = set1$gene_id,  B = set2$gene_id, C = set3$gene_id)

繪圖：

> ggvenn(dat)

繪制部分list：

> ggvenn(dat, c("A", "B"))

3.圖形美化

填充

  • fill_color：填充顏色
  • fill_alpha：填充透明度

邊框

  • stroke_color：邊框顏色
  • stroke_alpha：邊框透明度
  • stroke_size：邊框粗細
  • stroke_linetype：邊框線的類型

集合名

  • set_name_color：集合名顏色
  • set_name_size：集合名字號

集合內文本

  • text_color：文本顏色
  • text_size：文本字號

百分比

  • show_percentage：TRUE or FALSE
> ggvenn(dat,show_percentage = T,
  stroke_color = "white",
  stroke_size = 0.5,
  fill_color = c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
  set_name_color =c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"), 
  set_name_size = 15,text_size=6)

4.提取交集部分并輸出

> A_B <- as.data.frame(intersect(set1$gene_id, set2$gene_id))
> write.csv(A_B,"A_B_common_gene.csv",row.names = F)

原文鏈接：https://www.jianshu.com/p/5a46dd0b8957

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