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使用SimpleITK讀取NII格式三維圖像及注意事項說明_python

作者：脈望蟲 ? 更新時間： 2023-01-15 編程語言

SimpleITK讀取NII格式三維圖像及注意事項

SimpleITK

Python中SimpleITK被廣泛用于醫學圖像的處理任務中，功能非常強大，但是使用的時候還需注意，尤其在圖像讀取時一定要注意維度。

讀取NII格式的圖像

#讀取并顯示NII圖像文件
from matplotlib import pyplot as plt
import SimpleITK as sitk

img_path = 'res.nii.gz'
I = sitk.ReadImage(img_path)
img = sitk.GetArrayFromImage(I)
plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic')
plt.xticks([]), plt.yticks([]) ?and Y axis
plt.show()

上面的代碼很簡單，不多做解釋，加入我們在最后加上

print(img.shape)

如果輸出（300,200,120），其中分別表示該三維體數據在Z軸，Y軸，X軸上的尺寸，這和MATLAB以及ImageJ都有點不同，后續處理一定要注意。

SimpleITK讀取nii文件并顯示

import SimpleITK as sitk
from matplotlib import pyplot as plt
?
def showNii(img):
? ? for i in range(img.shape[0]):
? ? ? ? plt.imshow(img[i,:,:],cmap='gray')
? ? ? ? plt.show()
?
itk_img = sitk.ReadImage('C:\\Users\\86472\\Desktop\\1552282517.831928.nii')
img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
showNii(img)

總結

原文鏈接：https://blog.csdn.net/qq_36763031/article/details/103707557

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